新冠病毒的溯源研究得出最新成果。當(dāng)?shù)貢r(shí)間2月18日，預(yù)印本網(wǎng)站bioRxiv（未經(jīng)同行評(píng)議）發(fā)表論文“中國南方馬來穿山甲2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒的鑒定”，通訊作者為香港大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院新發(fā)傳染病國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室管軼教授、廣西醫(yī)科大學(xué)胡艷玲教授。

管軼現(xiàn)為香港大學(xué)新發(fā)傳染病國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任，以及流感研究中心主任。2003年“非典”時(shí)期，管軼團(tuán)隊(duì)率先分離出SARS病毒，并證實(shí)了果子貍是SARS的中間宿主，也是人類感染SARS的直接來源。基于中間宿主的清晰及管軼等人的上報(bào)，廣東省隨后清除市場(chǎng)上的果子貍，從而有效遏制了SARS疫情的擴(kuò)散。

在此次這項(xiàng)最新研究中，管軼等人報(bào)告了在中國南部反走私行動(dòng)中查獲的穿山甲（(哺乳綱鱗甲目)中發(fā)現(xiàn)了2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒。他們發(fā)現(xiàn)，穿山甲相關(guān)的冠狀病毒屬于2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒的兩個(gè)亞型，其中一個(gè)的受體結(jié)合域與2019-nCoV非常接近。

作者們認(rèn)為，研究發(fā)現(xiàn)的多種穿山甲冠狀病毒譜系及其與2019-nCoV的相似性表明，應(yīng)該考慮將穿山甲視作這次新型冠狀病毒的潛在中間宿主，并應(yīng)將其從菜市場(chǎng)上清除，以防止人畜共患傳播。

而此前的2月7日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室沈永義教授、肖立華教授等科研人員聯(lián)合中國人民解放軍軍事科學(xué)院及廣州動(dòng)物園科研部也公布了研究成果：穿山甲為新型冠狀病毒潛在中間宿主。

該團(tuán)隊(duì)通過分析1000多份宏基因組樣品，鎖定穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主；繼而通過分子生物學(xué)檢測(cè)，揭示穿山甲中β冠狀病毒的陽性率為70%；進(jìn)一步對(duì)病毒進(jìn)行分離鑒定，電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結(jié)構(gòu)；最后通過對(duì)病毒的基因組分析，發(fā)現(xiàn)分離的病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達(dá)99%。

不過，沈永義等人的研究成果目前尚未正式發(fā)表。

值得一提的，穿山甲是所有哺乳動(dòng)物中非法販賣最為嚴(yán)重的，被用作食物來源，鱗片還被入藥。因此，穿山甲近年來越來越受到關(guān)注，中華穿山甲等穿山甲物種現(xiàn)在已被世界自然保護(hù)聯(lián)盟（IUCN）列為瀕危物種紅色名單上的極危物種。

多批次穿山甲樣品檢測(cè)呈冠狀病毒陽性

本次新冠疫情的暴發(fā)暫時(shí)被認(rèn)為與武漢華南海鮮市場(chǎng)有關(guān)，該市場(chǎng)出售的野生動(dòng)物可能是人畜共患病感染的來源。盡管蝙蝠很可能是2019-nCoV的宿主，但目前還不清楚轉(zhuǎn)移病毒的中間宿主。

研究團(tuán)隊(duì)此前在2017年8月至2018年1月期間收集到18只馬來穿山甲的冷凍組織(肺、腸、血)樣本。這些穿山甲是在廣西海關(guān)緝私行動(dòng)中獲得。

系統(tǒng)發(fā)育分析，描述了2019-nCoV、本研究獲得的穿山甲冠狀病毒序列、其他冠狀病毒之間的進(jìn)化關(guān)系。

值得注意的是，這些樣本的RNA高通量測(cè)序顯示，43個(gè)樣本中的6個(gè)(2個(gè)肺，2個(gè)腸，1個(gè)肺腸混合物，1份血液)存在冠狀病毒。研究團(tuán)隊(duì)隨后獲得6個(gè)全長或近全長基因組序列，標(biāo)記為GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L。這些病毒也具有類似2019-nCoV的基因組結(jié)構(gòu)，有9個(gè)預(yù)測(cè)開放閱讀框。研究團(tuán)隊(duì)還成功分離了病毒。

基于新的基因組序列，研究團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了qPCR檢測(cè)引物，以確認(rèn)原始樣本對(duì)冠狀病毒呈陽性。

接下來，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)2018年5月至7月之間收集的另一批穿山甲樣品進(jìn)行了進(jìn)一步qPCR檢測(cè)。12只穿山甲的19個(gè)樣本（9個(gè)腸組織，10個(gè)肺組織）中，3個(gè)肺組織樣本呈冠狀病毒陽性。

除了這些來自廣西的穿山甲，此次疫情暴發(fā)后，廣州海關(guān)技術(shù)中心也重新檢測(cè)了他們?cè)?月的反走私行動(dòng)中查獲的5份存檔的穿山甲樣品（2份皮膚組織，1份未知組織，1份鱗片），這些樣本中同樣發(fā)現(xiàn)了冠狀病毒。

通過高通量測(cè)序，研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)鱗片樣品中包含冠狀病毒序列，用這些數(shù)據(jù)組裝了一個(gè)21505bp的部分基因組序列(標(biāo)記為GD/P2S)，可以代表2019-nCoV基因組的72%。

值得注意的是，2019年在廣東進(jìn)行的另一項(xiàng)關(guān)于患病穿山甲的研究也從肺樣本中發(fā)現(xiàn)了與2019-nCoV相似的病毒重疊群。通過不同的組裝方法和人工篩選，獲得了約占全長病毒基因組86.3%的部分基因組序列(標(biāo)記為GD/P1L)。

這些在穿山甲中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒的基因組，與新型冠狀病毒基因組相似率在85.5％-92.4％，并在系統(tǒng)進(jìn)化樹中代表了新冠病毒的兩個(gè)亞型，其中GD/P1L和GD/P2S與新冠病毒密切相關(guān)。

穿山甲可能冠狀病毒長期宿主，但和2019-nCoV并非最接近親緣關(guān)系

新型冠狀病毒屬于β冠狀病毒屬的Sarbecovirus亞屬，此前已有一些研究注意到，Sarbecovirus亞屬的冠狀病毒成員均經(jīng)歷了廣泛的基因重組。

為了驗(yàn)證上述觀點(diǎn)，研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步進(jìn)行了重組分析重組，分析顯示，蝙蝠冠狀病毒ZC45和ZCS21可能是重組體，包含多個(gè)SARS-CoV相關(guān)譜系(基因組區(qū)域2、5、7)和2019-nCoV相關(guān)譜系的基因組片段，包括來自此次穿山甲的基因組片段(區(qū)域1、3、4、6、8)。

然而，更值得注意的是，研究團(tuán)隊(duì)觀察到穿山甲冠狀病毒、蝙蝠冠狀病毒RaTG13和2019-nCoV之間推測(cè)的重組信號(hào)。特別是，盡管2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒RaTG13在病毒基因組的其余部分關(guān)系最為密切，但2019-nCoV和廣東穿山甲的受體結(jié)合域（RBD）氨基酸同源性為97.4%，而RaTG與2019-nCoV的受體結(jié)合域的氨基酸同源性僅為89.2％

事實(shí)上，廣東穿山甲冠狀病毒和2019-nCoV在RBD的5個(gè)關(guān)鍵殘基上擁有相同的氨基酸，而RaTG13和2019-nCoV只有一個(gè)氨基酸相同。然而，只針對(duì)RBD的同義位點(diǎn)系統(tǒng)發(fā)育分析顯示，廣東穿山甲冠狀病毒并非2019-nCoV的最接近親緣關(guān)系。

因此，研究團(tuán)隊(duì)推測(cè)，廣東穿山甲冠狀病毒與新冠病毒之間的氨基酸同源性可能是由于選擇性介導(dǎo)的趨同進(jìn)化，而不是重組引起的。當(dāng)然，根據(jù)現(xiàn)有數(shù)據(jù)仍然很難判斷。

論文提到，雖然任何趨同進(jìn)化的驅(qū)動(dòng)因素都是未知的，但就和重組一樣，它的可能發(fā)生，都將進(jìn)一步突出中間動(dòng)物宿主在人類病毒暴發(fā)的作用。

迄今為止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一被認(rèn)和2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒感染的哺乳動(dòng)物。

在這項(xiàng)研究中，研究團(tuán)隊(duì)在穿山甲中發(fā)現(xiàn)了2個(gè)相關(guān)的冠狀病毒譜系，它們都與22019-nCoV相關(guān)。這表明穿山甲可能是這些病毒的長期宿主。

或從蝙蝠等其他動(dòng)物宿主中獲得2019-nCoV相關(guān)病毒

但令人驚訝的是，穿山甲是獨(dú)居動(dòng)物，種群規(guī)模相對(duì)較小，且處于瀕危狀態(tài)。然而不能排除的是，穿山甲從蝙蝠或其他動(dòng)物宿主中獨(dú)立獲得了2019-nCoV相關(guān)病毒。

值得注意的是，這兩種穿山甲冠狀病毒都是從走私而來的馬來穿山甲中獲得，很可能來自東南亞，而它們?cè)诒就恋貐^(qū)所保持的病毒多樣性目前未知。

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，毫無疑問，穿山甲種群中冠狀病毒的傳播程度需進(jìn)一步調(diào)查，但在廣西和廣東省的2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒的反復(fù)感染表明，穿山甲可能是冠狀病毒出現(xiàn)的潛在重要宿主。

研究團(tuán)隊(duì)提到，包括那些與2019-nCoV相關(guān)病毒在內(nèi)的冠狀病毒，在亞洲的許多野生哺乳動(dòng)物中明顯存在。雖然穿山甲冠狀病毒的流行病學(xué)、致病性、種間傳染性和傳播性仍有待研究，但此次研究提供的數(shù)據(jù)強(qiáng)烈表明，處理這些動(dòng)物需要相當(dāng)謹(jǐn)慎，應(yīng)嚴(yán)格禁止在菜市場(chǎng)出售。

他們還提到，對(duì)中國和東南亞自然環(huán)境中穿山甲的進(jìn)一步監(jiān)測(cè)顯然也是必要的，以了解它們?cè)?019-nCoV出現(xiàn)中的作用以及未來人畜共患病傳播的風(fēng)險(xiǎn)。

論文原文鏈接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1